Los dos niveles de la estructura organizacional del Fondo Ambiental se definen de la siguiente manera:
- Comité Administrador: es la máxima autoridad y ejerce el nivel directivo o gobernante del Fondo Ambiental; establece la misión, define políticas y objetivos y en consecuencia tiene a su cargo la decisión, orientación y la aprobación del financiamiento de planes, programas, proyectos y presupuesto del Fondo Ambiental.
- Secretaría Ejecutiva: es el nivel ejecutor compuesto por una estructura mínima administrativa-financiera y por un equipo técnico que trabaja en relación directa con la Secretaría de Ambiente.
El Director Ejecutivo, nombrado por el CAFA, es responsable del manejo y control de los recursos del Fondo Ambiental.

Anexos: